Село Шубенка было основано в 1750 году (впервые упоминается в архивах).

После открытия в нашем селе 1883 году Покровской церкви остро встал вопрос об открытии  школы.

В настоящее время церковь восстанавливается

Школа грамотности  в селе Шубенка была открыта в 1891 году в помещении церковной сторожки. Обучалось в школе 18 мальчиков, учителем был местный псаломщик Александр Иванович Орфанов.(Источник: Справочная книга по Томской Епархии за 1898-99 год. Томск.Типография Епархиального братства 1900г. стр.343)

До 1921 года школа в нашем селе имела три класса и была церковной. Учителей и учеников было мало. Учителями школы работали Быховская Марфа, супруги Карасёвы, Паньшины, дочь священника Копьева Анна Петровна. Училось в школе в то время 70 детей.

    В 1921 году школу отделили от церкви, заведующим был назначен Кудряшов, который проработал на этом посту более 10-ти лет. В 1924 году школа была преобразована в 4-х летнюю, а учеников стало 127. Девочек в школу родители не пускали. Из 127-ми учеников девочек было всего 15. Помещения школы всегда были приспособлены.

Учительский коллектив 1944 год.

И только в 1959 году при активном содействии колхоза «Путь к коммунизму» было построено здание, в котором до сих пор расположена школа.

В 1971 году к основному зданию был пристроен спортивный зал.

С 1939 года школа носит статус сем